自然人转让股权申报印花税，可以通过自然人登录的方式登录深圳市电子税务局，点击【我要办税】—【税费申报及缴纳】—【综合申报】—【财产和行为税合并纳税申报】模块申报印花税。

   纳税人进行印花税申报时，应先进行印花税税源信息报告。先填写自然人信息：行业、行政区划、街道乡镇、税务机关，再点击“财产和行为税税源信息报告”模块点击印花税的“税源采集”，进入“印花税税源信息采集”页面。新增印花税税源信息确认无误后，勾选当期应税报税种，点击“下一步”，进入申报预览界面。确认数据无误，点击“申报”，“确认”提交申报，自动跳转“申报结果查询”页面查看申报结果。点击查询申报表可以查看申报表明细并且打印，点击缴款可以进行缴款。

以上内容仅供参考，具体以最新法律法规及相关政策规定为准。