目前电子税务局无法全流程申请手续费返还，可以在“电子税务局首页　——我要办税　——　其他服务事项——三代手续费——　代征代扣税款结报单”打印《代征代扣税款结报单》和《代扣代收和代征税款手续费领款单》并加盖公章，向主管税务机关提交上述资料申请手续费返还。