办公室（党委办公室）。承担机关日常运转，承担文秘、信息调研、宣传舆情、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作;承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。

法制科。负责组织实施依法行政工作；负责重大执法决定法制审核工作；负责办理行政复议及行政诉讼案件；负责公职律师和法律顾问工作；规范税务行政许可工作。负责本单位内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施执法督察和执法责任制工作；协调配合外部监督和上级监督；参与实施“一案双查”。组织实施各税种政策落实工作；对各税种具体业务问题进行解释和处理；组织落实各项税收优惠政策；统筹各税种的日常管理、后续核查等。

社会保险费和非税收入科。组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费征收工作；负责组织实施文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。

收入核算和税收经济分析科。负责组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作；组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作；承担统筹和指导税收经济分析工作；组织实施本辖区会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。

纳税服务科。组织开展本单位纳税服务（含缴费服务，下同）工作；组织实施、监督落实纳税服务制度和规范；统筹全局办税服务厅服务规范化建设和服务渠道管理；统筹税收信用体系建设，组织开展年度纳税信用等级评定工作；组织开展处理纳税服务投诉等权益保护工作。

征收管理科。负责组织落实综合性税收、社会保险费和有关非税收入征管法律、法规、规章及规范性文件；负责专业化管理；组织实施户籍管理等征管工作；负责征管质量监控评价和征管数据管理应用；负责社会性协税护税工作。

国际税收管理科。负责辖区内税收条约（安排）的执行与管理；承担辖区跨境税收管理工作；统筹辖区反避税基础管理工作；统筹辖区税收服务“一带一路”建设；负责本单位外事管理。

税收风险管理局。负责组织实施本辖区税收风险管理工作，包括统筹管理、识别分析、指导应对等。

财务管理科。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、资产管理等工作。

组织人事科。组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；负责教育培训工作。

考核考评科。组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。

税源管理一科。负责辖区纳税人依申请涉税事项和税务行政许可事项的集中审核办理。

税源管理二科。负责辖区纳税人（缴费人）相关税收风险应对工作；负责承接风险管理部门下发的专项工作任务。

税源管理三科。负责辖区税收、社会保险费和有关非税收入的基础管理、风险管理工作；负责纳税辅导、抵扣凭证、一般性协查及其他日常税源管理工作；负责出口退税企业管理。

税源管理四科。负责辖区税收、社会保险费和有关非税收入的基础管理、风险管理工作；负责纳税辅导、抵扣凭证、一般性协查及其他日常税源管理工作。

机关党委（党建工作科）。协助落实全面从严治党主体责任；统筹和指导本单位党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；统筹思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；承接上级巡察和组织本单位巡察工作。

老干部科。负责组织落实有关老干部工作的政策和工作部署；负责老干部的服务和管理工作。

根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局深圳市前海深港现代服务业合作区税务局委员会纪律检查组”。负责党的纪律检查工作。