1.办公室（党委办公室）。负责拟订本单位综合工作制度、年度工作计划；组织起草和审核重要文稿；负责公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全等工作；组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传、舆情管理工作；组织实施督查督办工作；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案。承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。负责后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订相关具体工作制度并组织实施和监督检查；承担节能减排、安全生产日常管理、监督检查工作。
2.法制科。负责组织实施依法行政工作；负责涉及多个税种、社会保险费和有关非税收入综合性政策文件的办理；负责规范性文件管理工作；负责重大执法决定法制审核及案件审理；负责办理行政复议及行政诉讼案件；负责涉税反补贴案件应对工作；负责普法工作；负责公职律师和法律顾问工作；规范税务行政许可工作。负责本单位内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施执法督察、财务审计和执法责任制工作；落实督察审计发现问题的整改；协调配合外部监督和上级监督；参与实施“一案双查”。负责组织实施各税种政策落实工作，拟订具体实施办法；负责各税种具体业务问题的解释和处理；组织落实各项税收优惠政策；负责组织实施增值税专用发票、普通发票和其他抵扣凭证管理；组织相关信息系统的推广应用及管理；指导各税种的日常管理、日常检查；参与各税种的风险管理、纳税辅导、咨询服务等工作。
3.社会保险费和非税收入科。负责组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费征收管理工作；负责组织实施文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作；参与有关社会保险费和非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
4.收入核算和税收经济分析科。负责参与拟订本辖区税收、社会保险费和有关非税收入年度预算目标并依法组织实施；负责统计本辖区免抵调库资源，并组织落实免抵调库；负责统筹协调本辖区组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；组织实施本辖区重点税源监控、企业税收资料调查工作；组织实施本辖区会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。负责统筹和指导所在辖区税收经济分析工作；承担专项税收经济分析工作任务，做好本辖区税收经济运行等日常监测分析工作；组织开展税收政策效应分析，跟踪评估减免税等政策实施效果。
5.纳税服务科。组织开展本单位纳税服务（含缴费服务，下同）工作；组织实施、监督落实纳税服务制度和规范；负责办税服务厅等面向纳税人和缴费人的服务渠道管理；统筹税收信用体系建设；组织开展处理纳税服务投诉等权益保护工作；负责税务行政审批事项和其他依纳税人申请税费事项集中审核办理。承担区税务局12366纳税服务热线日常管理和12366纳税服务平台业务运维；具体承担面向纳税人和缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务等工作；接受、转交纳税服务投诉和涉税违法举报；参与本单位税收宣传工作规划和年度计划；具体承办涉税舆情管理、政务公开工作；具体实施税收法律知识普及工作；负责区税务局微信、微博、客户端等管理工作；统筹协调社会化纳税服务。
6.征收管理科。负责组织落实综合性税收、社会保险费和有关非税收入征管法律、法规、规章及规范性文件；负责专业化管理；组织实施户籍管理等征管工作；负责征管质量监控评价和征管数据管理应用；负责本单位信息化建设的技术支持、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织实施本单位信息安全管理；负责社会性协税护税工作。
7.国际税收管理科。负责辖区内非居民境内所得和居民境外所得等跨境税源的税收管理；负责辖区内“一带一路”“走出去”企业和个人的税收服务；负责辖区内企业和个人有关税收协定（安排、协议）的执行与管理；负责辖区内企业和个人税收情报交换、海外金融账户涉税信息管理等国际税收征管协作事项；负责辖区内企业、个人关联申报和同期资料管理、税收风险应对、协助税款入库、案源线索移送、政策宣传辅导等反避税基础管理以及其他国际税收风险管理；参与国际税收交流合作和对外支持援助；负责本单位外事管理工作。负责组织实施大企业(国家税务总局确定的“千户集团”企业、本系统列名大企业)、重点税源企业的税收、社会保险费和有关非税收入日常管理、风险应对、个性化服务；负责辖区机关事业单位社会保险费管理工作。
8.税收风险管理局。负责统筹开展风险管理及风险事项内控工作；负责风险应对任务的二次分析和组织实施工作；负责统筹本单位风险管理指标、模型构建工作及相应的分析识别工作；负责本单位风险任务的统筹推送；负责本单位风险应对结果的复核复审及相关风险指标任务效果的评价工作；承接风险管理部门的专项工作任务；负责对接稽查系列工作。
9.财务管理科。负责贯彻落实预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度；负责预算管理、决算管理、会计核算和会计基础规范工作；负责国库集中支付工作和办理具体收付事项；负责政府采购的管理工作；负责基建的管理工作；负责资产的财务管理工作。
10.组织人事科。组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；承担人事、机构编制、干部任免、人员调配、工资、人事档案和公务员管理等人事工作；负责派遣员工管理工作；负责办理出国政审事项。负责拟订本单位教育培训管理制度﹑发展规划﹑年度计划并负责干部培训的具体实施；负责教育培训项目的开发与管理；负责兼职师资管理和网络培训管理。指导本单位党的组织建设、党员队伍建设等工作。负责组织落实有关老干部工作的政策和工作部署；负责老干部的服务和管理工作。
11.考核考评科。负责贯彻落实绩效管理和数字人事工作发展规划、制度规范，拟订具体实施办法；分解落实上级下达的考评指标，拟订本单位年度绩效计划及考评指标，组织实施绩效考评工作；组织开展数字人事推行工作，负责数字人事日常管理；开展其他考核考评工作。
12.税源管理一科。负责辖区税收、社会保险费和有关非税收入的基础管理、风险管理工作；负责纳税辅导、抵扣凭证、一般性协查及其他日常税源管理工作；负责出口退税企业管理。
13.税源管理二科。负责辖区税收、社会保险费和有关非税收入的基础管理、风险管理工作；负责纳税辅导、抵扣凭证、一般性协查及其他日常税源管理工作；负责出口退税企业管理。
机关党委（党建工作科）。组织实施党建和党风廉政建设工作；统筹负责机关党员教育、管理、监督和服务工作；组织开展机关思想政治工作和精神文明建设；落实统战工作任务；协调机关工会、共青团、妇委会开展群团工作；负责承接上级巡察工作任务；负责本级巡察的统筹协调、日常管理、组织实施等工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局深圳市深汕特别合作区税务局委员会纪律检查组”。负责党的纪律检查工作。
