纳税服务和宣传中心。负责12366纳税服务热线管理和平台运维工作；承担税收宣传和网站、微信、微博、客户端管理工作；承办涉税舆情管理、政务公开工作；接受、转交纳税服务投诉和涉税违法举报。

信息中心。负责信息化建设的技术支持保障、税收管理信息系统运行维护、信息安全等工作。

机关服务中心。负责机关后勤事务管理、保障和服务工作；指导系统后勤服务工作；管理深圳市深国瑞实业发展有限公司、深圳市金水湾度假村有限公司、深圳市金水湾度假村有限公司国瑞苑接待服务中心等3家下属企业。

税收科学研究所。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入科研工作。