办公室（党委办公室）。承担区局日常运转，承担文秘、会务、信息、档案、机要保密、信访、值班值守、国家安全、政务公开、税收宣传、舆情管理、督查督办等工作；承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。

法制科。负责组织实施税收法制、税种管理、政策落实、内控控制、督察审计等工作。

社会保险费和非税收入科。负责组织实施社会保险费和有关非税收入的征收管理工作。

收入核算和税收经济分析科。负责组织收入各项工作，具体包括收入预算、分析预测、重点税源监控、税收调查和经济分析等工作。

纳税服务科。组织实施纳税服务（含缴费服务）工作；组织实施、监督落实纳税服务制度和规范；负责服务渠道管理和税收信用体系建设；组织开展处理纳税服务投诉等权益保护工作；负责税务行政审批事项和其他依纳税人申请涉税事项集中审核办理。

征收管理科。负责组织落实综合性税收、社会保险费和有关非税收入征管法律法规、规章及规范性文件；组织实施户籍管理等征管工作；统筹实施日常征管工作；组织实施信息化建设工作；负责社会性协税护税工作。

国际税收管理科。负责组织实施国际税收、出口退税、总局“千户集团”企业、辖区重点税源企业以及房地产业税收征管。

税收风险管理局。负责统筹开展风险管理及风险事项内控工作；负责风险应对任务的二次分析和组织实施工作；负责统筹区局风险管理指标、模型构建及分析识别、风险任务的统筹推送工作；负责区局风险应对结果的复核复审及相关风险指标任务效果的评价工作。

财务管理科。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、资产管理、国库集中支付和办理具体收付等工作；承担区局财务管理工作。

组织人事科。组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部任免、考核、人员调配、工资、人事档案、派遣员工管理、干部出国（境）管理等工作；负责教育培训工作。

考核考评科。负责贯彻落实绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。

税源管理科（税源管理一、二、三、四科）。负责辖区税收、社会保险费和有关非税收入的基础管理、风险管理工作；负责纳税辅导、抵扣凭证、出口函调、一般性协查及其他日常税源管理工作；负责税务行政审批事项和其他依纳税人申请涉税事项集中审核办理；负责生产性企业“免抵退税”管理。

机关党委（党建工作科）。组织实施党建和党风廉政建设工作；统筹负责机关党员教育、管理、监督和服务工作；组织开展机关思想政治工作和精神文明建设；落实统战工作任务；协调机关工会、共青团、妇委会开展群团工作；负责承接上级巡察和本级巡察的统筹协调、日常管理、组织实施等工作。

老干部科。负责组织落实有关老干部工作的政策和工作部署。

根据有关规定，设置党委纪检组，负责党的纪律检查工作。